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三、如何識別全新毒株

新冠病毒基因組的長度為29903（約3萬）個堿基，技術(shù)不是那么發(fā)達(dá)的時候，技術(shù)人員測定整個基因組可能要耗費(fèi)數(shù)周甚至數(shù)月的時間。憑借全基因組測序技術(shù)，可以一次性完成之前數(shù)月的工作。

全基因組測序需要在實(shí)驗(yàn)室里進(jìn)行，依賴高性能計算機(jī)和芯片，至少分析數(shù)小時才能完成。如果批量做新冠基因組測序，成本約為每次幾百元，遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于核酸單管的16元/次。

這是第一步。如果新毒株（以下用X代替）危害性很大需要管控，在新毒株的基因組明確后，可以利用PCR檢測做針對性的識別。

例如Alpha疫情時期，英國用PCR識別Alpha，具體辦法是：賽默飛某款PCR試劑盒，同時測刺突蛋白、N蛋白和ORF1ab。

賽默飛的刺突蛋白引物，故意針對的是69/70位點(diǎn)，而Alpha正好有69/70缺失突變，所以用該款試劑盒測試為陰性。但用其他試劑盒測試，結(jié)果為陽性。所以該試劑盒陰性+其他試劑盒陽性，大概率就是Alpha。

我們可以選擇新毒株的特征基因組片段，開發(fā)針對性的試劑（試劑A，不識別X），就可以用核酸檢測的手段篩查該毒株的感染人群。篩查中可同時選用普適性的試劑（試劑B，可以識別大多數(shù)新冠病毒）。如果A陰性，B陽性，判定感染毒株X。

也可以用類似策略開發(fā)只能檢測到X的試劑C，只要試劑C檢測陽性，就可以判定感染X。但由于毒株還在持續(xù)突變，以上策略準(zhǔn)確性不是100%。

是否能混檢取決于人群X毒株感染率，如果感染率很低，可以采用20混1或者10混1的方式加快篩查速度。如果感染率較高，就只能單管檢測。

找到感染者后，還可以用流調(diào)的方式對傳染鏈進(jìn)行追蹤，但流調(diào)只能在擴(kuò)散初期起到效果。

Nextstrain.org上新冠病毒的進(jìn)化樹

四、早發(fā)現(xiàn)早控制新毒株難度很大

但在目前防控措施放開的情況下，早發(fā)現(xiàn)、早控制新毒株的難度也變得很大。

首先是篩查覆蓋面偏小，很難做到早發(fā)現(xiàn)。根據(jù)中國疾控中心病毒病所所長許文波披露的數(shù)據(jù)，2022年12月中國疾控中心通過抽樣調(diào)查，完成了1142個病例的全基因組測序，發(fā)現(xiàn)奧密克戎變異株亞分支BA.5.2和BF.7占全國流行的絕對優(yōu)勢，兩者合計超過80%。此外，還有7個奧密克戎變異株亞分支也在流行。

即使加上其他地方疾控中心和醫(yī)院的測序，全國一個月只測序了不到3000例，相比龐大的感染數(shù)據(jù)來說，抽樣的比例很低。

其次，測序能力地域上很不均衡。東部發(fā)達(dá)地區(qū)測序多，中西部地區(qū)測序很少，西部地區(qū)省份只有省級疾控中心有測序能力，實(shí)際測序量很少。如果全新毒株從鄉(xiāng)鎮(zhèn)開始傳播，很可能發(fā)展到縣內(nèi)普遍感染，外溢較多的時候才能監(jiān)測到。

第三，開發(fā)特定的核酸檢測試劑需要時間。在明確基因組序列后，還需要設(shè)計并測試試劑，測試完成后，還需要進(jìn)行生產(chǎn)、分發(fā)，然后才能投入使用。

第四，搜集該毒株的重癥率，以及做出決策也需要時間。如果要決策防疫政策的調(diào)整，需要數(shù)據(jù)支撐，最重要的數(shù)據(jù)為重癥率。

按一般規(guī)律，大多數(shù)病例有3天左右潛伏期，出現(xiàn)癥狀一周以上才可能發(fā)展到重癥。所以在疫情開始傳播14天以上才可能有較完善的重癥率數(shù)據(jù)。如果要求數(shù)據(jù)較為可靠，則周期還會更長。新冠傳播速度為2天一代，2-3周的時間足以感染疫情爆發(fā)地區(qū)較大比例的人群，在這個階段，防控措施很難起到理想的效果。

第五，流調(diào)能力有限，很難承擔(dān)圍堵任務(wù)。根據(jù)流調(diào)實(shí)際經(jīng)驗(yàn)，如果能靠落地檢篩查到病例，東部發(fā)達(dá)地區(qū)可以靠流調(diào)和小范圍隔離將疫情控制在萌芽階段。但如果傳染鏈已經(jīng)擴(kuò)散一周左右，基本無法低成本控制。

眼下由于新冠防控措施放開，多數(shù)東部地區(qū)的流調(diào)中心已經(jīng)解散，即使下決心重組，也需要一段時間才能正常工作。中西部地區(qū)流調(diào)能力更差，由于軟硬件、財政、人員素質(zhì)等因素，從2020年至今未能建立起合格的流調(diào)體系。在2022年秋季疫情中，多地不能在早期感染者數(shù)量還不多的窗口期控制疫情，直到感染者人數(shù)擠兌了隔離能力。如果需要重新防控，流調(diào)能力不足的問題依然存在。

2022年9月，貴州省疾控系統(tǒng)派出400余人開展流調(diào)溯源遏制疫情蔓

而出現(xiàn)全新毒株的話，境內(nèi)出現(xiàn)和境外出現(xiàn)的結(jié)果又完全不同。

如果重癥率高的新毒株出現(xiàn)在境外，則疫情輸入到我國存在一定時間差，在這段時間內(nèi)，國外研究機(jī)構(gòu)和醫(yī)療機(jī)構(gòu)已經(jīng)對病毒進(jìn)行研究，并獲得了一定數(shù)據(jù)。

在疫情輸入我國時，我們已經(jīng)掌握病毒基因組數(shù)據(jù)和一部分重癥率數(shù)據(jù)，可以及時完成決策并調(diào)整。所以可以靠加強(qiáng)邊境管理限制疫情輸入，即使有小規(guī)模的疫情輸入，還來得及用核酸篩查+重啟流調(diào)的方式將新毒株清零。

如果新毒株在境內(nèi)偏遠(yuǎn)地區(qū)出現(xiàn)，由于發(fā)現(xiàn)時（住院數(shù)據(jù)異常）疫情可能已經(jīng)廣泛傳播，獲取和核實(shí)數(shù)據(jù)也需要時間，決策時間和處置時間就非常緊張了，控制毒株擴(kuò)散難度很大。

而眼下正是春節(jié)假期，由于春節(jié)人員流動性很大，如果境內(nèi)出現(xiàn)全新毒株，防控更難。