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問(wèn)題1 以偏概全脫離事實(shí)

作者在文章開(kāi)篇建立的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)可以說(shuō)異常粗糙。在建立進(jìn)化樹(shù)時(shí)選擇的數(shù)據(jù)越少，其推導(dǎo)出的結(jié)論可信度就越低。作者為了得出自己的觀點(diǎn)，挑選了一些不同來(lái)源的冠狀病毒數(shù)據(jù)：例如，蝙蝠、兔子、豬、駱駝、家禽，以及2003年的SARS病毒和2014年的MERS病毒來(lái)進(jìn)行聚類分析。

圖 | 參考文獻(xiàn)[1]

從作者的進(jìn)化樹(shù)不難看出，新型冠狀病毒和SARS的親緣關(guān)系最近，和蝙蝠來(lái)源的冠狀病毒反而還有點(diǎn)遠(yuǎn)。

這一結(jié)果與近期我國(guó)多位科研工作者所給出的研究結(jié)論相悖。我們找到了與這篇論文同一天刊登在《科學(xué)》雜志上的一張系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)，其中的關(guān)鍵數(shù)據(jù)就是我國(guó)著名病毒學(xué)家——石正麗的科研團(tuán)隊(duì)貢獻(xiàn)的。

圖 | 參考文獻(xiàn)[2]

這張圖中引用的數(shù)據(jù)更多，其結(jié)論也更加清晰明了。我們可以清楚地看到幾個(gè)大分支，首先SARS和來(lái)自果子貍的SZ3分離株同源度最高，處于同一分支，它們又和一些蝙蝠來(lái)源的冠狀病毒相似度較高，附屬于一個(gè)更大的分支內(nèi)。由此我們可以推斷這個(gè)病毒傳播途徑是蝙蝠→果子貍→人。這次的武漢新型冠狀病毒和來(lái)自蝙蝠的RaTG13分離株的同源度最高，處于另一分支內(nèi)。兩者盡管相似，但大概率具有不同的進(jìn)化和傳播途徑。目前由于時(shí)間短暫，缺乏更多測(cè)序數(shù)據(jù)，尚無(wú)法確定蝙蝠和人之間是否還有中間宿主。

而來(lái)自印度的作者無(wú)視了RaTG13這個(gè)分離株的數(shù)據(jù)。堅(jiān)稱自己發(fā)現(xiàn)的4個(gè)短肽段的是武漢新型冠狀病毒特有的（暗示人為加入）。事實(shí)上，我們?cè)趤?lái)自蝙蝠糞便的RaTG13病毒分離株的刺突糖蛋白上也能找到這4個(gè)短肽段，或完全一致或高度相似。說(shuō)明新型冠狀病毒的這些肽段早就天然存在。作者的論點(diǎn)不攻自破。

比對(duì)結(jié)果顯示，來(lái)自蝙蝠糞便的RaTG13病毒蛋白中也能找到文章中提到的4個(gè)短肽段，或完全一致或高度相似 | Nekout

問(wèn)題2 欲加之罪何患無(wú)辭

這篇文章的另一個(gè)關(guān)鍵論點(diǎn)，是這4個(gè)短肽段和HIV的蛋白上一些肽段高度同源。然而這一論點(diǎn)同樣“不小心”忽略了一些數(shù)據(jù)。

下面這個(gè)網(wǎng)站是生物學(xué)界最權(quán)威的序列比對(duì)工具BLAST，有了它，就可以足不出戶訪問(wèn)世界上最全的生物學(xué)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，比對(duì)任何序列數(shù)據(jù)。

我們把1號(hào)肽段的6個(gè)氨基酸放進(jìn)查詢序列框內(nèi)，然后直接點(diǎn)擊頁(yè)面底部的BLAST按鈕。

我們會(huì)發(fā)現(xiàn)，許多蛋白都具有這段6個(gè)氨基酸的序列，全都是100%的一致性。它們分別來(lái)自不同物種的不同蛋白，從哺乳動(dòng)物到細(xì)菌都有，可能翻完一整頁(yè)都看不到HIV的信息。

包括細(xì)菌和魚類等很多物種都有這個(gè)序列，而作者偏偏“別有用心”地選出了HIV。

那么我們?cè)倏s小一下搜索范圍，把物種限定在HIV里找尋一次，看看效果如何。

嗯。確實(shí)能在HIV上找到具有100%一致性的肽段。

以上這些說(shuō)明了什么呢？

我們打個(gè)比方幫助你理解：假設(shè)你寫了一段話發(fā)表在網(wǎng)上，有好事者想證明你的話是抄來(lái)的。怎么證明呢？他從你的句子里挑出“我快無(wú)聊死了”6個(gè)字扔進(jìn)搜索欄，同時(shí)輸入某明星的名字，發(fā)現(xiàn)完全一致，然后就說(shuō)你的話是從明星那兒搬來(lái)的。但事實(shí)上，幾乎所有人都在網(wǎng)絡(luò)上說(shuō)過(guò)相同的話，并不單單是某明星的專屬。

蛋白質(zhì)序列和文字一樣，序列越短，隨機(jī)出現(xiàn)在各個(gè)物種的概率就越高，拿6個(gè)片段比對(duì)出的結(jié)果和“我快無(wú)聊死了”一樣，是沒(méi)有任何意義的。

說(shuō)到這里你應(yīng)該能體會(huì)到該論文的荒誕之處了吧。