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科學(xué)家恢復(fù)生命之樹(shù)，或者發(fā)現(xiàn)不同物種的祖先和后裔就是通過(guò)這種相似性來(lái)復(fù)原的。這種相似性有時(shí)候來(lái)自身體表面，比如說(shuō)骨骼、肌肉；有時(shí)候來(lái)自微觀看不見(jiàn)的東西，比如說(shuō)DNA。正是基于各種各樣的存在于恐龍和鳥(niǎo)類之間的相似性，科學(xué)家現(xiàn)在相信恐龍變成了鳥(niǎo)類。

其中有一個(gè)學(xué)者貢獻(xiàn)非常非常大，他是來(lái)自耶魯大學(xué)的John Harold Ostrom教授。他的很重要的工作就是研究恐爪龍，然后把它和始祖鳥(niǎo)——?jiǎng)偛胖v到的最早的鳥(niǎo)類進(jìn)行對(duì)比。他發(fā)現(xiàn)這兩種動(dòng)物的手幾乎是一模一樣的，這些發(fā)現(xiàn)讓他相信恐龍變成了鳥(niǎo)類。

不過(guò)，這一假說(shuō)還存在一系列問(wèn)題需要解決，比如同源問(wèn)題。

不同種類的生物常常共享相似結(jié)構(gòu)，但這些相似結(jié)構(gòu)的來(lái)源不同：一些相似性源自共同祖先，這叫作同源，比如人的胳膊、馬的前腿以及鴿子的翅膀，雖然看似形態(tài)各異，但基本結(jié)構(gòu)是一樣的，從來(lái)源上看，都源自泥盆紀(jì)時(shí)期一種肉鰭魚(yú)類的粗壯胸鰭。

另外一些相似結(jié)構(gòu)產(chǎn)生的原因，是它們有相似的功能，我們稱之為趨同演化。就像鯊魚(yú)、魚(yú)龍和海豚都有鰭，表面看起來(lái)很相似，但它們的基本結(jié)構(gòu)不同，來(lái)自不同的祖先，它們之所以相似，是都需要執(zhí)行游泳的功能。

反對(duì)恐龍起源假說(shuō)的學(xué)者認(rèn)為，鳥(niǎo)類和恐龍之間的相似性，包括剛才講的手部的相似性，不是源自同一祖先，而是來(lái)自于趨同演化。

是不是這樣呢？我們首先來(lái)看看剛才講到的手部的相似性，到底是趨同演化產(chǎn)生的，還是同源的。

這是一個(gè)美麗的鳥(niǎo)的翅膀，鳥(niǎo)的翅膀下面是一些奇形怪狀的骨頭，這些骨頭實(shí)際上代表鳥(niǎo)的手。如果你想看它到底長(zhǎng)什么樣，可以去吃一個(gè)雞翅，把肉啃干凈以后，會(huì)發(fā)現(xiàn)長(zhǎng)的這樣形狀的一個(gè)鳥(niǎo)的手。當(dāng)然你吃的時(shí)候要小心一點(diǎn)，很可能會(huì)破壞科學(xué)的信息。

這個(gè)鳥(niǎo)有高度變形的3個(gè)手指。我們自己的手有5個(gè)手指，手指數(shù)目顯然不同于鳥(niǎo)類。實(shí)際上5個(gè)手指代表一種原始狀態(tài)，從這個(gè)角度上說(shuō)，我們?nèi)祟愂窃嫉摹?

在生命演化過(guò)程中，手指和腳趾的數(shù)目在許多四足動(dòng)物當(dāng)中都發(fā)生了變化，有的從5個(gè)手指和腳趾變?yōu)?個(gè)手指和腳趾，有的變?yōu)?個(gè)，有的甚至只剩下一個(gè)功能性的手指和腳趾，比如我們熟悉的馬。

這些動(dòng)物退化了哪些手指或者腳趾，剩下了哪些手指或者腳趾，這個(gè)看似無(wú)聊的問(wèn)題卻是許多科學(xué)家關(guān)注的。因?yàn)檫@些問(wèn)題會(huì)幫助我們理解生命演化，甚至有時(shí)候還會(huì)超出對(duì)生命演化的理解。

如果我們進(jìn)行對(duì)應(yīng)的話，有一個(gè)問(wèn)題可以問(wèn)，鳥(niǎo)類的這三個(gè)手指相當(dāng)于我們?nèi)说哪娜齻€(gè)手指？

如果你問(wèn)一個(gè)研究化石的古生物學(xué)家，他會(huì)告訴你，你看原始的恐龍，它有五個(gè)手指，也像我們?nèi)艘粯?。但是在恐龍演化的過(guò)程當(dāng)中，外側(cè)的兩個(gè)手指，也就是小拇指和無(wú)名指就會(huì)退化掉，所以有些恐龍變成三個(gè)手指。

三個(gè)手指的恐龍最后變成了有三個(gè)手指的鳥(niǎo)類，就是我們今天熟悉的鳥(niǎo)類。這樣簡(jiǎn)單的邏輯推論，你問(wèn)一個(gè)小學(xué)生他都會(huì)舉手回答你，鳥(niǎo)類現(xiàn)在剩下的三個(gè)手指相當(dāng)于我們內(nèi)側(cè)的三個(gè)手指頭，也就是一二三指，因?yàn)樗嘶藘蓚€(gè)外側(cè)的手指頭。

科學(xué)研究是這么簡(jiǎn)單的嗎？顯然不是的，如果這么簡(jiǎn)單，我想每個(gè)人都愿意去做這個(gè)事情。

有些科學(xué)家從不同的渠道進(jìn)行了研究。研究現(xiàn)代生物的科學(xué)家，比如說(shuō)研究胚胎發(fā)育的，他們?cè)谟^察鳥(niǎo)類胚胎發(fā)育的過(guò)程當(dāng)中得到了不同的答案。

如果觀察一個(gè)蛋的孵化過(guò)程，會(huì)發(fā)現(xiàn)鳥(niǎo)在孵化的過(guò)程當(dāng)中，最早也像我們?nèi)艘粯佑形鍌€(gè)手指。但是不知道什么原因，大拇指和小拇指突然罷工了，不愿意再生長(zhǎng)了，所以最后成年鳥(niǎo)長(zhǎng)出來(lái)的三個(gè)手指頭是中間的這三個(gè)手指。

或者換句話說(shuō)，鳥(niǎo)類現(xiàn)在的手指不是剛才我講的像恐龍化石的一二三，而是二三四，是中間的這三個(gè)手指頭。這樣的數(shù)據(jù)就產(chǎn)生一個(gè)明顯的矛盾，化石的數(shù)據(jù)和胚胎發(fā)育的數(shù)據(jù)打架了。